Как правильно ответить на вопрос: What is the capital of Russia? 1.The capital of Russia is Moscow. или 2.Moscow is the capital of Russia.

Более правильным будет вариант 2) Moscow is the capital of Russia (Москва является столицей России).

Заданный вопрос является вопросом к подлежащему, так как в самом вопросе подлежащее отсутствует (нет самого предмета, который является чем-либо или выполняет какое-либо действие). Следовательно, в ответе нужно восстановить подлежащее, поставив его вместо вопросительного слова. 

В варианте 1) The capital of Russia is Moscow (Столица России - это Москва) к группе подлежащего грамматически относится часть, стоящая до глагола is. Ответ уместно было бы начать с этой части, если бы вопрос был специальным, подразумевал, например, характеристику столицы: Какова столица России? Столица России - красива (The capital of Russia is beautiful).