Чтобы проверить слово "помогает" нужно подставить то слово, которое ударение будет падать на букву, например, помочь или помощник(ца). В словах помощь и помощник(ца) ударение падает на "о" после буквы "м", значит нужно писать " помОгает".
Помогает
Глагол I спряжения, начальная форма - помогАть, суффикс -а-,
поэтому пишем в окончании Е: помогаЕт.
Найдем корень слова: помощь, помощница, мощь, немощь.
Значит, корень -МОГ- (проверяем однокоренным словом "мОщь").
Пишем приставку ПО-, потому что приставка па- встречается редко и только под ударением, например, пасынок, падчерица и др. (или "паводок, пагуба; пащенок, пачеси, падчерица" - из Словаря В.И. Даля).