Всех, кто выступал против выступал против церковного устройства или подвергал сомнению учения, которые проповедовались церковью, объявляли еретиками, и нещадно с ними боролись.
С этой целью в католицизме была создана специальная организация Инквизиция - церковный суд, который расправлялся с еретиками.
Против еретиков вели судебные процесс без соблюдения процедуры следствия. Не требовалось доказательств и человека по одному доносу могли приговорить к смертной казни. Во время процессов изощренные использовались пытки.
Приговоренных сжигали на кострах, топили, вещали. Еще одной формой борьбы было отлучение от церкви и изгнание из общины.
Боролась церковь и с научными знаниями. Так, Галилео Галилей был вынужден отречься от своих открытий, а Джордано Бруно сожгли на костре.