Семена, которые не прорастают при создании для них всех необходимых условий, могут быть заражены какими-либо специфическими болезнями. В некоторых случаях у них может быть недостаток эндосперма или сам зародыш оказывается неактивным.
В мире есть немало растений, семена которых в естественных условиях имеют низкий процент всхожести. Это может быть связано с многими факторами:
У многих видов растений семена могут храниться очень долго, однако для этого условия хранения должны быть идеальными. Например, семена злаковых культур очень долго сохраняют всхожесть, но при малейшем превышении влажности способны заболеть грибком или вирусами. При этом даже в случае создания идеальных условий часть семян или весь урожай не дадут ростков.
У других видов семена хранятся ограниченное количество времени, от нескольких недель до нескольких месяцев. При более долгом хранении в воздушной среде они начинают высыхать. Даже при наружной целостности зародыш внутри в таком случае погибает. К таким типам относятся многие голосеменные растения (араукария, секвойя, метасеквойя и т.д.). Другие семена после их сбора с дерева ещё долго продолжают созревать (как семена некоторых пальм, кокосов, саговниковых и т.д.).
При работе с семенами надо уточнить, что существуют некоторые растения, которые могут вырастать из семени только при попадании в грунт, расположенный недалеко от материнской особи. К таким видам относятся многие орхидеи. Все дело в том, что материнское растение выбрасывает в почву особое вещество при помощи корней. Из-за этого семена выживают в новой среде. Таким образом, в домашних условиях прорастать их невозможно даже при соблюдении идеальных условий. Этим объясняется тот факт, что многие виды орхидей до сих пор не удается вырастить в оранжереях из семян. Это делается только вегетативным путем.