Этот огромный, обитающий в воде ящер имеет небольшой мозг, но мощные челюсти и мускулистый хвост, удар которого может переломить ноги взрослой антилопе.( огромный и обитающий - определения, которые относятся к слову ящер, и, следовательно разделяются запятыми. Запятая перед "но" разделяет два простых предложения. Запятая перед "удар" разделяет два простых предложения.)
Часами он может неподвижно лежать в воде, высунув на поверхность лишь ноздри и выпуклые глаза — «перископы».( запятая выделяет деепричастный оборот "высунув на ...")
На суше он ее не приканчивает, а тащит в воду и топит.( Он не приканчивает, а топит. Однородные сказуемые)
Рвать жертву хищник сразу не станет, а поместит за корягу или в пещеру, вырытую для этого в берегу под водой, и подождет, пока добыча «отмокнет».(Рвать не станет, а поместит - однородные сказуемые. ...пещеру, вырытую... - причастный оборот, стоящий после определяемого слова. Запятая перед союзом "пока" нужна потому, что это сложноподчиненное предложение.)
Желудок крокодила — адский химический комбинат, переваривающий все: шерсть, рога, копыта.( переваривающий все - причастный оборот, после определяемого слова комбинат. Шерсть, рога, копыта - перечисление.)
При явной опасности он мчится в воду, изгибая тело, выбрасывая далеко вперед задние ноги.(изгибая тело - деепричастный оборот. Выбрасывая ... - деепричастный оборот.)