Вот я понимаю, что там у питательной рыбы есть кости, потому что они входят в состав организма. Но почему ещё косточки содержатся в ЯГОДАХ (таких как черешня или вишня)?

Это их семена. Они нужны продолжения рода.

У животных скелет — это часть самого организма. Кости формируют каркас тела, обеспечивают опору, позволяют двигаться, защищать внутренние органы. Это часть живого существа, его структурная основа. У растений косточка в ягоде (например, в вишне, черешне, сливе) — это часть плода, который формируется после цветка. Её задача — защитить семя, сохранить его до момента, когда животное или птица съест ягоду. Когда плод переваривается, семя проходит через пищеварительный тракт и может быть вынесено в другом месте, что способствует распространению растения.